Im Zoo dient der Transponder zur Identifizierung des Tieres und zur Registrierung. Nach Vorschrift des Bundesministeriums für Naturschutz (BfN) müssen bestimmte Tierarten registriert werden. Dazu gehören Tierarten, die unter das Washingtoner Artenschutzübereinkommen fallen, wie Elefanten, Geparden, Leoparden oder auch Schneeleoparden. So werden z.B. in den großen deutschen Zoos, wie Berlin oder Leipzig, alle Tiere, die groß genug für einen Transponder sind, gechippt. Dies hilft der Zooleitung, die Tiere schneller und unkomplizierter in andere Zoos zu überführen.

Alle Daten über Zootiere werden vom Bundesministerium für Naturschutz in Bonn verwaltet. 

• Zoowechsel eines Tieres (vor allem ins Ausland)
• Zuchtprogrammen zur Arterhaltung
• Überwachung von Tiertransporten
• Nachweis des Eigentums bei Diebstählen und
• Rückführung entlaufender Tiere